Die Katzenkratzkrankheit wird in der Regel durch das Bakterium Bartonella henselae verursacht. Bei klinischem Verdacht auf eine Bartonellen-Infektion sollte Serum für die Bestimmung von Bartonellahenselae-IgM- und -IgG Antikörpern eingesandt werden. Da der Antikörpernachweis in der frühen Erkrankungsphase noch negativ ausfallen kann, sollte bei fortbestehendem klinischem Verdacht eine Kontrolluntersuchung nach ca. 2 bis 4 Wochen durchgeführt werden.

Ein kultureller Erregernachweis aus primar sterilem Material (bei kompliziertem Verlauf) und Lymphknotenbiopsien ist aufgrund der speziellen Wachstumsansprüche des Erregers schwierig und für die Diagnosestellung in der Regel nicht erforderlich.In Sonderfällen kann auch ein Nachweis von Bartonella-henselae-DNA mittels PCR-Verfahren in Speziallaboratorienversucht werden.